深圳保税仓的运营模式主要是自营模式和委托经营模式。

自营模式是指保税仓库的所有者自身负责货物的进出、存储、打包、配送等全部业务环节。在这种模式下，所有的进出口业务都是由保税仓库自行完成的，不需要外部协助。这种模式的优点是掌握业务的自主性强，企业可以根据市场的需求和客户的要求随时灵活地调整仓储策略，缺点是需要耗费大量的人力和物力资源。

委托经营模式是指保税仓库所有者将仓库的运营管理权委托给专业的物流公司或第三方仓储企业，由委托方进行商品的进出、存储、打包、配送等各个环节，同时负责保税仓库的管理运营，例如采购管理、仓库管理、客户管理、财务管理等。相对于自营模式，委托经营模式可以充分利用外部专业公司的优势，减少了自身运营的不确定性和风险。但是对委托方的选择和管理也需要较高的技能和经验。

另外，深圳保税仓还采用国际中转的模式，主要适用于以下几种情况：贸易公司从某国采购货物，转卖给第二个国家的客户，但不想让客户知道发货人的任何信息，所以先把货发到第三国，再转运；贸易公司从某国采购货物，转卖给第二个国家的客户，但货源国和客户所在国之间并非互相关税惠国，或者存在贸易障碍，可通过保税仓库国际中转解决；贸易公司从某国采购货物，转卖给第二个国家的客户，但还需在中国采购部分产品，拼成整柜再发货，可通过保税仓库国际中转解决。

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